Γνωστές είναι οι αδυναμίες του ΦΟΔΣΑ Πελοποννήσου στην έκφραση θέσεων και τη διαπραγμάτευση, αλλά και, γενικά, στην ανταπόκριση στον κύριο σκοπό του, που είναι η διαχείριση των απορριμμάτων. Μαζί μ' αυτά, προέκυψε και το θέμα της διαμάχης μεταξύ Δήμων της