Η κατάληψη της περιοχής από τον Μωάμεθ σηματοδοτεί την έναρξη της Α΄ Τουρκοκρατίας (1470-1585). Κατά τη διάρκειά της, οι Τούρκοι διαίρεσαν τη Μεσσηνία σε δύο πασαλίκια, με την Καλαμάτα να εντάσσεται στο πασαλίκι της Κορώνης.
Αμέσως μετά την τουρκική κατάκτηση εκδηλώθηκε απελευθερωτική προσπάθεια, η οποία όμως είχε ανεπιτυχή κατάληξη, με την ύστατη μάχη να δίνεται κάτω από τα τείχη της Καλαμάτας και να καταλήγει υπέρ των Τούρκων.
Δύο περίπου αιώνες αργότερα, κατά τη διάρκεια του Β΄ Ενετοτουρκικού Πολέμου (1645-1669), οι συνασπισμένες δυνάμεις Μανιατών και Ενετών του Φραντσέσκο Μοροζίνι (Fr. Morosini) θα απελευθερώσουν προσωρινά την Καλαμάτα (1659).
Η πόλη θα υποστεί σημαντικές καταστροφές και στη συνέχεια θα επανέλθει στους Τούρκους.
Η Καλαμάτα θα καταληφθεί εκ νέου το 1685 από τους Ενετούς του Φρ. Μοροζίνι, οι οποίοι είχαν και πάλι ως συμμάχους τους Μανιάτες. Το κάστρο θα υποστεί σημαντικές καταστροφές και κατά τη διάρκεια της Β΄ Ενετοκρατίας (1685-1715), όμως μια επίθεση των Μανιατών έπεισε το Μοροζίνι και τους Ενετούς να μην το ισοπεδώσουν και να το επισκευάσουν ως το 1693. Άλλωστε, κατά τη Β΄ Ενετοκρατία αναφέρεται η ύπαρξη στην πόλη ισχυρών στρατιωτικών δυνάμεων, για την άμυνά της.
Φρ. Μοροζίνι,
Κατά τη διάρκεια της ίδιας περιόδου, η Καλαμάτα αποτελούσε μία από τις δεκαέξι περιφέρειες της Μεσσηνίας, η οποία είχε ως πρωτεύουσα αρχικά την Κορώνη και στη συνέχεια τη Μεθώνη. Ήδη από τις αρχές του 17ου αι., μετά την τουρκική κατάκτηση της Μονεμβασίας, η ενιαία μητρόπολη Μονεμβασίας και Καλαμάτας είχε μεταφέρει την έδρα της από την πρώτη στη δεύτερη. Την εποχή εκείνη, οι κάτοικοι της πόλης (1.362 το 1700) καλλιεργούσαν σιτηρά, αμπέλια, ελαιόδενδρα και μουριές (για τη σηροτροφία), ενώ ασχολούνταν και με την κτηνοτροφία. Τα σπίτια ήταν φτωχικά και είχαν στέγες από σχιστόλιθο. Την ίδια περίοδο εμφανίζονται και κάποια υποτυπώδη σχολεία.
Κατά τη Β΄ Τουρκοκρατία (1715-1821), που εδραιώθηκε στη διάρκεια του τελευταίου Ενετοτουρκικού πολέμου (1714-1718), η πόλη αποτελούσε το πιο πυκνοκατοικημένο από τα 24 βιλαέτια που ανήκαν στο πασαλίκι του Μοριά κι ένα από τα πιο ανθηρά εμπορικά κέντρα του. Την ίδια περίοδο μειώθηκαν οι μανιάτικες επιδρομές (αναφέρεται μία το 1723) κι αναπτύχθηκαν οι εμπορικές σχέσεις Μάνης-Καλαμάτας. Μάλιστα, παρά την επιδημία πανώλης του 1717-18, ο πληθυσμός της θα φτάσει το 1820 τους 2.500 κατοίκους.
Άγιοι Απόστολοι
Το 1767 θα φτάσει στον πύργο του Καλαματιανού προεστού Παναγιώτη Μπενάκη ο Έλληνας αξιωματικός του ρωσικού στρατού Γεώργιος Παπάζωλης. Η συνάντηση των δύο ανδρών οδήγησε στην επανάσταση των ετών 1769-70, γνωστή ως Ορλοφικά. Κατά τη διάρκειά της, η Καλαμάτα καταλήφθηκε από Μανιάτες και Ρώσους, για να ακολουθήσει καταστροφική και αιματηρή αντεπίθεση των Τουρκαλβανών. Μετά τη φυγή των Ρώσων και τη σφαγή των Ελλήνων, εμφανίστηκαν στην περιοχή οι Τουρκαλβανοί, τους οποίους εκδίωξε ο καπουδάν πασάς Χασάν το 1779.
Τα τελευταία χρόνια της Τουρκοκρατίας, η Καλαμάτα, κωμόπολη πια, αποτέλεσε τόπο συγκέντρωσης και εμπορίας της αγροτικής και κτηνοτροφικής παραγωγής της ενδοχώρας (σιτηρά, βαμβάκι, κρασί, μετάξι, ξηρά σύκα, ελαιόλαδο, δέρματα, μαλλιά, τυρί). Από το λιμάνι της εξάγονταν προϊόντα προς τη Σμύρνη, την Κωνσταντινούπολη, την Αλεξάνδρεια, τη Μασσαλία και τη βόρεια Ιταλία. Οι Γάλλοι είχαν ιδρύσει υποκαταστήματα των εμπορικών τους οίκων, και το 1721 υποπροξενείο, απόδειξη ότι η Μεσσηνία συμπεριλαμβανόταν στη ζώνη του ενδιαφέροντος των εμπόρων της Δύσης. Επίσης, αναδείχτηκαν ισχυρές οικογένειες γαιοκτημόνων και εμπόρων, οι οποίοι συγκροτούσαν την οικονομική αριστοκρατία της πόλης, η οποία ασκούσε πολιτικό και διοικητικό ρόλο.
 Η μάχη της Καλαμάτας μεταξύ Ενετών και Τούρκων, με τη συμμετοχή Μανιατών 1685), σε χαλκογραφία του Ενετού χαρτογράφου V. Coronelli (18ος αι.) |  Το κάστρο της Καλαμάτας στα τέλη του 17ου αι., σε σχέδιο του Ολλανδού O. Dapper |
